Что делать, если появилась болезнь на временную негодность, когда комиссия признала годным?

С пузырём ещё разбираться нужно, а из-за проведённой лазерной коррекции зрения точно получите ВН на 3 месяца. Поэтому остальные вопросы ваши отпадают.
Главное помните:
Обжалуется решение призывной комиссии, а не решение какого-то отдельного врача. Написание всяких заявлений о появлении новых обстоятельств/диагнозов не приостанавливает выполнение решения призывной комиссии.
В вашей ситуации вы уже упустили все сроки для обжалования и если бы не такой 100% вариант с коррекцией, то могли бы и уехать в армию, если в военкомате начался бы произвол.

Сейчас вам поставят ВН, а чтобы забрать на след призыве, они должны будут выпускать новое решение призывной комиссии с ГО. Срок для обжалования 7 дней, не прозевайте и внимательно смотрите, какие бумажки подписываете )

Факт остаётся фактом. Вы сделали операцию по коррекции зрения и положена отсрочка на 3 месяца согласно тому же Расписанию болезней. Это новое обстоятельство, поэтому не важно, что раньше они выставляли ГО. Теперь они просто вынуждены поменять решение на ВН.
Будут ли они собирать полноценную призывную комиссию или какой-нибудь дяденька майор в своём кабинете бумажульку сам напишет.. это уже им решать, но конечный итог один — ВН.